Im Jänner 2020 wurde Magnus Brunner als Staatssekretär im Infrastruktur- und Umweltministerium für die neue Bundesregierung Kurz II angelobt.
Im Zuge der Regierungsumbildung wurde Magnus Brunner am 6. Dezember 2021 als Nachfolger von Gernot Blümel auf Vorschlag des neuen Bundeskanzlers Karl Nehammer vom Bundespräsidenten als Bundesminister für Finanzen ernannt.
Im Oktober 2020 wurde er für drei Jahre zum Präsidenten des Österreichischen Tennisverbandes (ÖTV) gewählt, neben Jürgen Melzer als sportlichem Leiter des ÖTV.Dieses Ehrenamt gab er im Jänner 2022 aus Zeit- und Compliance-Gründen in Zusammenhang mit seiner Tätigkeit als Finanzminister wieder ab. Sein Nachfolger als ÖTV-Präsident wurde Martin Ohneberg.
2002 bis 2006 war er politischer Direktor des österreichischen Wirtschaftsbundes. Anschließend daran wechselte er als Leiter der Unternehmensentwicklung und Konzernkommunikation zur Illwerke/VKW-Gruppe in Bregenz. Ab dem 1. Jänner 2007 war Magnus Brunner vor seiner Bestellung als Staatssekretär als Vorstand der OeMAG - Abwicklungsstelle für Ökostrom tätig.
Im Februar 2021 übernahm Brunner die Leitung der ÖVP-Ortsgruppe in Vorarlbergs Landeshauptstadt Bregenz.